Posteriormente, la ALER reformuló en la Asamblea de 1998 en Buenos Aires su estructura, creando un Secretariado Permanente dedicado a mantener los aspectos organizativos y de relaciones internacionales, así como las Presidencias Ejecutivas, dedicadas a la organización de los Congresos y Coloquios. Esta reorganización permitió horizontalidad de la asociación y potenciar los esfuerzos institucionales, incorporando nuevos elementos y manteniendo la experiencia institucional.
En esta última modalidad, los congresos de ALER se han realizado en Colombia (1996); Buenos Aires, Argentina (1998); Padova, Italia (2000); Lima, Perú (2002); San Cristóbal de las Casas, Chiapas, México (2004); San Paulo, Brasil (2006); Bogotá, Colombia (2008); Granada, España, (2010); San Salvador, el Salvador (2012); San Juan, Puerto Rico (2014); San José, Costa Rica (2016); Toro, España (2018) y Campeche, México (2021). Este último en modalidad virtual dada la situación de contingencia por el Sars-Cov-2.
Continuando con las actividades, la ALER desarrolló los Coloquios Religión y Sociedad, especializados en diferentes temas. El primero, México 1999, tuvo como tópico las Religiones en Contextos Multiculturales; el II Coloquio, en Jerez de la Frontera, España 2001, se analizaron los Problemas de las Minorías Religiosas, Género y Protección del Patrimonio Cultural.
En el 2005, se realizaron el III Coloquio con el tema Valores religiosos y fortalecimiento de la democracia, llevándolo a la ciudad de Buenos Aires, Argentina, el IV coloquio de Religión y sociedad en la ciudad de la Habana, Cuba con el tema Religiones afroamericanas y las identidades en un mundo globalizado. El V Coloquio se realizó en la ciudad de Sevilla, España en mayo del 2007 con el tema Patrimonio cultural, religión y turismo; y el último lo efectuamos en 2013, en la ciudad de Tucumán Argentina, con el tema Etnicidad, Religión y Esclavitud.
Una actividad más parte de la ALER, es decir que se realizan también, de manera anual, los Congresos Nacionales de Religión Sociedad y Política en México, los cuales se han realizado 37 congresos, hasta 2022.
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